本申请提供了一种高速磁浮辅助停车区的计算方法及系统，包括：S1：获取预设列车运行控制分区的设置方案；S2：计算辅助停车区长度、高速磁浮列车安全防护距离、高速磁浮列车最大速度防护曲线及高速磁浮列车最小速度曲线；S3：利用逆推法对初步设置方案进行验算；S4：对若干辅助停车区进行逐一验证，若满足预设条件，则形成最终设置方案；若不满足，则进行调整再验证后形成最终设置方案。本申请在初步拟定的运控分区设置方案的基础上综合列车启动加速度、列车制动性能、以及车载蓄电池容量等相关参数计算形成辅助停车区设置方案，并利用逆推法进行验证和调整，在保证安全运行的基础上提高了辅助停车区的设置效率，降低了建设成本。