本发明涉及堤坝技术领域，公开了一种结构化胶结防波堤高程确定方法和应用，包括如下步骤：S1：保持其他参数不变，改变防波堤护面的原材料混凝土的用量或坍落扩展度，测试获得混凝土的不同用量或坍落扩展度对应的防波堤的多组测试越浪量或波浪爬高；S2：将获得的测试结果代入越浪公式或波浪爬高公式中，获得混凝土的不同用量或坍落扩展度下对应的测试防波堤护面粗糙度影响因子；S3：建立混凝土用量或坍落扩展度与防波堤护面粗糙度影响因子的表格；S4：根据混凝土用量或坍落扩展度选取S3的防波堤护面粗糙度影响因子，将防波堤护面粗糙度影响因子代入越浪公式或波浪爬高公式中确定防波堤高程。本发明的方法有助于技术人员获得准确的防波堤高程。