本发明公开了一种甲醇燃料供应系统，涉及燃料供应结构技术领域，包括隔离空舱、燃料准备间和加注站，隔离空舱中设有整体式燃料舱，加注站连接于加注管，加注管另一端进入燃料准备间，并连通于驳运管，加注管上还设有氮气管线，吹扫加注管；驳运管一端连通于整体式燃料舱，另一端连接于驳运泵，并通过驳运泵连通于日用柜，日用柜通过管路连通至燃料准备间外的机舱。取消了燃料舱顶部的接头处所，燃料加注管线从燃料准备间进入燃料舱，避免了加注管路的向上抬升，减少了管内燃料的残留，同时加注管内少量的残留燃料，通过加注管上提供氮气接头向管内进行吹扫，解决了管内的残留问题。