本发明涉及数据处理技术领域，提供一种灌溉数据同化方法、装置、电子设备及存储介质，利用基于图神经网络的生成对抗网络的第一数据融合模型和基于图神经网络的元学习的第二数据融合模型，实现数据的高效和高质量的融合，提高数据融合的稳定性和多样性。利用基于图神经网络的注意力机制的第一数据同化模型和基于图神经网络的自适应优化的第二数据同化模型，实现数据同化模型的有效构建、优化和更新，可以实现自主的学习和优化能量，及时捕捉和适应灌溉系统的复杂性和变化性，满足灌溉管理和决策的实时性和精准性要求，进而提高数据同化模型的性能和效果，提升数据同化模型的智能程度。