本发明公开了一种智能农机导航定位系统及智能控制方法，该智能农机导航定位系统包括全球卫星定位系统，微惯性测量单元，激光雷达，双目相机，角度传感器，电控方向盘、导航控制硬件处理系统和液晶显示器。针对果园农机精准作业的需求，以及道路颠簸、恶劣天气、果树遮挡、路面松软等因素所造成的导航定位系统精度降低、导航失效以及偏离期望路径的问题，本发明提出了一种智能农机导航定位系统的智能控制方法，解决了单一传感器在面临复杂果园环境时的因导航精度不高而无法适应的问题，提升了传统PID控制算法的抗扰性能，最终实现在果园环境下智能农机的精准作业需求。