本申请涉及一种柴油发动机扭矩过零控制方法、系统及存储介质，由于在踩油门阶段，基于当前的档位值和转速值确定第一正向边界扭矩；对第一喷油信号进行滤波处理，按照滤波后的第一喷油信号控制输入扭矩，以使有效扭矩过零到达第一正向边界扭矩；在收油门阶段，基于当前的档位值得到档位边界扭矩；基于目标输出扭矩、当前输入扭矩和档位边界扭矩得到第二喷油信号和过滤目标扭矩；按照第二喷油信号控制输入扭矩，以使有效扭矩过零到达过滤目标扭矩。对喷油量调节对发动机扭矩过零控制，不同油门阶段采取不同的控制方式，结合挡位和转速进行配合控制，实现扭矩输出平稳过渡；缓解机械配合面冲击和噪声，提高换挡过程中的动力响应和换挡平顺性。