本申请实施例属于生物医药技术领域，涉及一种评估多重PCR文库引物消化效果的方法及其相关设备，包括接收输入文件，输入文件包括bed文件和比对文件；判断bed文件的目标区域和/或扩增区域是否存在序列重叠，若是，过滤比对文件，获得目标比对文件，若否，将比对文件作为目标对比文件；将目标比对文件的上游引物和下游引物从目标区域向未消化部分延伸，获得延伸区域，统计延伸区域内每个碱基的覆盖深度；基于覆盖深度计算延伸区域内相邻碱基之间的消化效率，基于消化效率确定消化位点；将消化位点对应的消化效率作为引物消化效率，输出消化位点和引物消化效率，得到多重PCR文库消化酶的消化效果。本申请能够有效评估多重PCR文库引物的消化效果。