本发明公开了一种烟叶蛋白多肽微囊的制备方法，包括如下步骤：S3.1按照比例1:1‑5取芯材烟叶蛋白多肽和壁材乳铁蛋白；S3.2将芯材烟叶蛋白多肽、壁材乳铁蛋白和水混匀配置成浓度为4%的溶液；S3.3采用喷雾干燥法对溶液进行喷雾干燥制得烟叶蛋白多肽微囊；该方法通过将烟叶蛋白多肽和乳铁蛋白进行混合，采用喷雾干燥法对其进行微囊化处理，从而使其具有“缓释”功效，可防止食用时生理活性被胃酸破坏，从而增加其生物活性，增加效果，且口感也得到改善；本发明还公开了一种烟叶蛋白多肽微囊的应用。