本发明涉及海工装备技术领域，提供一种小型空投水下航行器导航控制系统及方法，其包括检测航行器姿态的MEMS姿态测量模块；对航行器入水前的位置进行定位的卫星定位模块；对航行器进行入水检测、加电条件判断、初始位置推算等的中央控制模块；设置有推进器、若干方向舵，并根据中央控制模块的指令通过推进器、方向舵对航行器进行姿态调整的执行机构模块。本发明一方面不断检测MEMS姿态测量模块给出的横滚角和俯仰角，另一方面不断检测入水传感器给出的入水状态，准确控制推进器的上电时间，可有效避免航行器触碰海底或冲出水面，保障航行器安全稳定运行；此外，本发明实现了对入水初始位置的修正，能够获得更精确的稳定初始位置。