本发明涉及车身结构仿真技术领域，尤其涉及一种有限元前处理几何缺陷自动化修整方法、设备及存储介质。其中，方法包括获取根据车身结构生成的第一目标曲面和第二目标曲面，选择第一目标曲面上的第一边界线和第二目标曲面上的第二边界线；经过第一边界线和第二边界线构建缝补面；在第一目标曲面、第二目标曲面和所述缝补面上构建有限元网格，用于整车风阻仿真试验或者整车风噪仿真试验。本发明通过在汽车结构的曲面上对有缝隙和有重叠的部分进行自动化修整，保证车辆外表面严丝合缝且无多余面，保证生成高质量的有限元网格；同时能够模拟整车表面的光滑密封效果，有利于在整车风阻仿真试验或者整车风噪仿真试验中数据的真实性和可靠性。