本申请提供一种约瑟夫森结器件的制造方法及制造系统，方法包括：在衬底上形成第一膜层、第二膜层和第三膜层依次层叠的叠层结构，叠层结构上具有掩膜层，以掩膜层为掩蔽对第三膜层进行刻蚀，利用目标气体刻蚀去除掩膜层，无需利用湿法工艺去除掩膜层，能够避免湿法去胶引起的膜层表界面沾污、第三膜层的侧壁氧化等问题，提升约瑟夫森结的电学性能，在对第三膜层进行刻蚀以及利用目标气体对掩膜层进行刻蚀时会形成刻蚀副产物，刻蚀副产物会附着在第三膜层，去除第三膜层的侧壁的附着层，以保证叠层结构的表面清洁，由此可见，本申请实施例利用目标气体对掩膜层进行刻蚀去除以提高退相干时间，提高最终制造得到的约瑟夫森结器件的性能。