本发明公开了一种高通量消化器官芯片系统，包括反应器，反应器包括法兰、旋转连接件、反应仓、液体阀、器官芯片小仓和插入转接头；旋转连接件安装于反应仓两侧，法兰安装于旋转连接件远离反应仓的一侧，液体阀安装在反应仓内部，器官芯片小仓和插入转接头连接在反应仓内部。本发明解决了现有技术无法实现生物仿生的问题。本发明中细胞、组织或类器官可培养于器官芯片小仓中插入反应仓，通过外接于现有胃肠道仿生装置，在模拟肠道蠕动的基础上实现了细胞、组织层面的检测，以及胃肠道蠕动的动态调整，模拟了人体“脑‑肠轴”调节，实现了细胞的易取样、高通量与时序性检测，可方便使用者进行细胞取样，快速分析不同细胞组织，开展时序性检测实验。