本发明提供一种经脂肪酸链修饰的GLP‑1‑FGF21融合蛋白及其制备方法和应用。该融合蛋白中，在FGF21的C末端引入特定的突变位点后，采用Sortase‑A酶介导的分子修饰技术，对GLP‑1‑FGF21末端进行了脂肪酸链的修饰，经脂肪酸链修饰后可实现：GLP‑1‑FGF21半衰期延长；成纤维细胞活化蛋白酶（FAP）对FGF21的末端降解变慢；常温下水溶液中操作，低成本且快速制备GLP‑1‑FGF21融合蛋白。本发明的GLP‑1‑FGF21融合蛋白采用酶介导的分子修饰技术，具有显著的优势。