本发明公开一种不中断行车的铁路路基填料靶向置换方法，包括：探测确定置换层位、准备工作平台、精准计算置换孔位布置、设备就位、线路变形监测、跟管钻进出土与控制、内回填预制材料、拔出套管、孔壁空隙填充；恢复线路。本发明通过对路基填料进行横向换填+填充预制材料的方式解决了运营条件下铁路路基因填料病害产生的下沉、冻害及翻浆冒泥等问题；本发明可在运营条件下，彻底解决铁路路基填料病害问题，整治过程中通过采用预制材料+注浆的方式填充，拔出钻进套管的方式，即达到彻底解决路基填料病害产生的下沉、冻害和翻浆冒泥问题，又能提高施工效率、降低施工成本，具有良好的经济效益和社会价值。