本发明涉及光谱去噪领域，公开了一种基于BES及广义S变换的光纤SPR传感器光谱去噪方法，构建光纤表面等离子共振传感模型，获得原始SPR带噪光谱，然后对其进行广义S变换，获得相应的S频谱；利用秃鹰搜索算法对去噪阈值进行优化，再利用优化后的阈值对SPR反射谱进行去噪、重建，获得去噪后SPR反射谱；利用原始SPR反射谱和去噪后反射谱来评估适应度函数#imgabs0#和#imgabs1#，直至获得最优阈值及最佳的光谱去噪效果。与现有技术相比，本发明能克服常规光谱去噪方法的基函数及阈值选取随意的问题，能提高SPR光谱的检测精度，从而为SPR光谱去噪提供新思路，也为基于SPR物质成分检测的应用奠定基础。