本发明涉及无人船舶的自动控制技术领域，具体涉及一种无人船舶稳定运行控制系统及方法，包括外界环境分析模块、关键部位监测分析模块、运输物监测分析模块、运行状态判定模块、运行调整控制模块和显示终端；本发明，通过实时获取无人船舶的外界环境状态信息，并对其进行判定分析，当发现外界环境异常时，则触发监测指令，进而对无人船舶的关键部位和运输物状态进行监测分析，生成相应的评估值，根据得到的评估值对无人船舶的运行状态进行全面评估分析，依据评估结果进行相应的运行调整控制，从而实现了确保无人船舶能够根据实际情况进行灵活调整，为无人船舶的稳定运行提供了有力保障。