本发明涉及一种适用于氢氧燃料电池盲端运行的吹扫系统及其方法，该系统包括氢氧燃料电池电堆，氢氧燃料电池电堆分别连接有阳极气体通路、阴极气体通路、气体尾气处理通路、冷却流液体通路、数据终端，数据终端用于监测氢氧燃料电池电堆的电压，以及相应控制阳极气体通路、阴极气体通路、气体尾气处理通路、冷却流液体通路的工作状态，以实现氢氧燃料电池电堆自主吹扫和盲端运行的动态切换。与现有技术相比，本发明通过实时监测氢氧燃料电池电堆电压变化，以控制电堆出口电磁阀的通断，能够实现氢氧燃料电池在密闭环境下自主吹扫和盲端运行，提高了氢氧燃料电池安全可靠性和燃料利用率，具有实用性强、集成度高、可靠性强、适用性宽等优点。