本发明公开了一种基于分区分类阈值的河流生态基流目标确定方法，包括以下步骤：步骤1、河流分区分类生态基流占比阈值确定；步骤2、断面生态基流目标初始值计算；步骤3、生态基流目标初始值的分区分类阈值修正；步骤4、生态基流目标的现状可达性分析与推荐值确定。本发明所述方法建立了科学的生态基流占比阈值标准体系；充分考虑了河流自然本底条件和现状情况，推荐目标合理可行；考虑了不同区域水文特征，大部分断面制定全年统一目标，必要情况下分段设置基流目标，便于调度保障和管理考核实践；充分利用有资料地区现有水文资料，并给出无资料地区分区分类基流目标推荐结果；提高了结果的科学性，为水资源开发管控和优化调配提供支撑。