本发明公开了一种水下激光的高精度同步信号方法及系统，属于水下通信技术领域，该同步信号方法包括以下步骤：将主节点的精准时钟信号加载到通信信号上，随后激光加载通信信号；信号处理完成的激光信号顺利发射到信号接收端；收到信号后进行聚焦；聚焦完成的信号光被探测器所探测，并经过信号解调单元解调，将主节点的精准时钟信息调整到从节点的时钟上，建立时钟同步；拓扑组网中的多个潜器节点不断交互自身的通信信号和时间信号，缩短相互之间的误差，达到高精度信号同步。还公开了一种水下激光的高精度同步信号系统。本发明采用了通信时间帧授时的方法，代替的传统的声波通信授时方法，通信速率更快、授时精度更高，抗干扰性更强。