本发明公开了一种深海水声通信中的非因果干扰抑制方法及水声通信系统。所述方法包括：在发射端，单个发射换能器发送OFDM符号；在接收端，单个水听器同时接收信号，由信号处理装置进行以下处理：以能量最强的相关峰作为同步基准，截取通带信号；将截取信号解调至基带后FFT，得到基带OFDM符号；对观测矩阵进行相位加权，估计得到延时后的信道；将估计得到的信道向量尾部补零后循环移位，再进行FFT，得到频域信道向量；完成频域均衡，输出解码。本发明能有效应对水声通信中同步峰非首达径时信道引发的非因果干扰，且操作简单，复杂度低；能够灵活应对不同长度的非因果干扰，鲁棒性强。