本公开提供了一种可编程控制系统、及其控制方法和主控制器，涉及工业控制技术领域。该控制方法包括：主控制器获取每个IO输入输出模块的标识号，其中，每类IO模块的标识号对应每类IO模块的类型；按照总线控制级联顺序，为每个IO模块分配硬件标识符；根据每个IO模块的标识号和硬件标识符，对每个IO模块进行识别和组态连接。本公开能够实现IO模块的自动识别，无需拖放即可实现组态连接，由于无需在调试过程中使用专用组态软件对IO模块进行逐个拖放，因此，减少了系统调试工作量，提高了可编程控制系统的调试效率。