本发明属于生物技术领域，公开了一种调节畜禽肠道健康的组合物，包括黑水虻幼虫肠道提取物，还包括杨树花提取物、二氢杨梅素、松针粉提取物；所述黑水虻幼虫肠道提取物、杨树花提取物、二氢杨梅素、松针粉提取物的重量比为1：0.1‑10：0.1‑0.5：0.1‑10。该组合物能够改善肠道健康，减少断奶仔猪的腹泻；本发明的组合物不仅仅对于仔猪肠道改善有益，对于其他各日龄的猪均有较好的肠道健康改善效果；此外，本发明还提供了含该组合物的微乳液及其制备方法和用途。