一种多坐标系标定与设备对位方法，包括：通过中载基板运载台与视觉手眼标定，确定中载基板运载台的第一图像像素坐标系与世界坐标系的第一映射关系(S1)；通过背板运载台与视觉手眼标定，确定背板运载台的第二图像像素坐标系与世界坐标系的第二映射关系(S2)；确定激光器的振镜起始点位于世界坐标系下的振镜起始点坐标(S3)；利用第一映射关系和振镜起始点坐标，获取中载基板在世界坐标系的第一模板标定坐标(S4)；利用第二映射关系和振镜起始点坐标，获取背板在世界坐标系的第二模板标定坐标(S5)；在巨量转移制程中，基于中载基板运载台的实际坐标和第一模板标定坐标，对中载基板进行对位(S6)；在巨量转移制程中，基于背板运载台的实际坐标和第二模板标定坐标，对背板进行对位(S7)。