水下悬浮隧道管节接头止水结构，包括管节一和管节二、密封连接管节一和管节二的多层止水结构，多层止水结构包括具有防腐蚀功能的第一止水带、设置在第一止水带内侧的第二止水带、呈预压缩状的第三止水带和对第三止水带的剪切、拉伸变形进行限位的剪力键，第三止水带分别与管节一和管节二固接。本发明避免止水带的过度拉伸、剪切，防止止水带的永久性损失，避免止水带断裂，有效降低悬浮隧道管节发生张开、剪切错动时止水带的失效风险，保证极限工况下管节间的密封止水功能，延长止水结构的密封止水寿命和可靠性，满足悬浮隧道管节接头使用需求。本发明还提供一种水下悬浮隧道管节接头止水方法。