本发明涉及数据处理技术领域，提供了一种空间天气关键参数的快速模拟方法及系统，包括，利用空间天气模型模拟获取电离层‑热层的多源关键数据集合；基于预处理策略对多源关键数据集合进行标准化处理，采用多源关键小样本数据对SWIN Transformer进行测试；基于数据测试效果信息对SWIN Transformer的3D卷积算子进行迭代优化；基于预定学习策略执行Transformer通道的模型调整与优化，构建热层质量密度模拟预测模型，并通过热层质量密度模拟预测模型进行空间天气关键参数模拟。解决了现有技术中空间物理数值模拟模型运算复杂，从而导致模拟热层机理参数不够及时、准确的技术问题。