一种快慢车混合运营的越行站设置方法，根据快慢车越行组织下的运行图结构特性，设计快车与慢车发生越行的判断方法，针对快车在中间停站以及不停站两种情况，分别提出越行站确定方法，在此基础上，综合考虑快慢车比例、快慢车间隔时间、通过能力需求等客流需求的约束，以设置最少越行站数量为目标构建越行站选择模型。最后，提出快慢车最大发车间隔时间范围并设计基于越行站选择规则的启发式求解算法，实现越行站设置方案的求解；由此，本发明解决了线路前期设计阶段由于缺少运营参数导致的越行站布局及选择方法中存在的动态性不足问题，具有便捷有效，方便操作等特点，可高效解决不同快车越行方案、不同快慢车开行比例下的越行站设置计算问题。