本发明提供了一种磁轨制动系统，包括：磁轨电子控制单元，用于判断磁轨制动的施加以及缓解条件、驱动磁轨气动控制单元以及电磁继电器；所述磁轨气动控制单元，用于驱动磁轨制动器；电磁继电器，用于控制励磁电流，所述励磁电流输入至所述磁轨制动器；磁轨制动器，用于执行所述磁轨制动。本发明所提供的磁轨制动系统是一套独立的制动系统，具有较高的系统完整度、可靠性和安全等级。磁轨制动器根据转向架进行适应性接口设计，使得新造车或既有车经过少量接口改动均可安装本发明提供的磁轨制动系统，因此本发明具有较强的可操作性。