本发明公开了一种具有发酵床的牦牛养殖系统，涉及牦牛养殖领域，所述系统包括：牛舍单元，用于饲养牦牛；收集单元，用于收集牛舍单元饲养牦牛产生的粪水；传输单元，用于将粪水传输至保温池；保温池，用于在粪水中加入生物菌，然后进行搅拌，然后进行保温处理；喷洒单元，用于从保温池中抽出粪水，并将粪水喷洒在发酵单元；发酵单元包括：发酵层、若干分解层、若干支撑层和收集层；本发明能够实现牦牛室内养殖且能够对牦牛养殖产生的粪水进行处理，减少对环境的影响。