本发明公开一种pH开关酶及其应用，所述pH开关酶包括结合配偶体融合的N‑端EXINU，和肽标签融合的C‑端EXINU，所述结合配偶体融合的N‑端EXINU是由结合配偶体通过连接子连接N‑端EXINU得到的，所述肽标签融合的C‑端EXINU是由肽标签通过连接子连接C‑端EXINU得到的，所述连接子的氨基酸序列为GGGGSGGGGS，所述N‑端EXINU的序列如SEQ ID NO：1所示，所述C‑端EXINU的序列如SEQ ID NO：2所示。N‑端EXINU和C‑端EXINU为菊粉外切酶EXINU的两个片段。该开关酶利用结合配偶体和肽标签分别融合菊粉外切酶EXINU的碳水化合物识别域和催化域，实现了通过pH的调节使酯键反复地形成和水解，从而进一步使得酯键形成时具有菊粉外切酶活性，酯键水解后失去外切酶活性，最终达到利用pH开关酶催化反应的效果。