本发明公开了一种基于混合算法的近零能耗建筑多目标优化控制方法及系统，方法包括建立某建筑的BIM模型；将BIM模型导入DesignBuilder软件，根据不同气候地区近零能耗建筑要求，通过正交试验以及蒙特卡洛模拟获取建筑在不同气候区的性能仿真模拟数据样本集；运用BO‑NGBoost算法基于数据样本集训练得到拟合度较高的能耗、碳排放、热舒适度以及视觉舒适度的预测函数，建立建筑设计参数与性能指标之间的非线性映射关系；利用NSGA‑Ⅲ算法对建筑能耗、碳排放、热舒适度以及视觉舒适度进行多目标优化；根据得到的Pareto最优解集，利用理想点法得到唯一最优解，获取满足近零能耗建筑性能要求的设计参数最优解；能够为不同气候环境下的近零能耗建筑设计提供个性化的参数优化方案。