本发明涉及一种用于显微系统的样品位姿调整方法。在本发明中，第一平面反射装置安装在显微系统的物镜安装端面上，第一平面反射装置垂直于显微系统光轴。最终照射至光束采集装置上的第三光束与第四光束位置重合时，说明本发明中各个装置构成的系统的光轴与显微系统光轴平行。此时，将第一平面反射装置替换为样品，当第四光束与第五光束再次位置重合后，说明样品与显微系统物镜之间的角度与第一平面反射装置与显微系统物镜之间的角度相同，也就是样品与显微系统物镜垂直。因此，通过判断光束采集装置中第四光束与第五光束的位置，便能够判断样品相对于显微系统的垂直姿态，从而进行样品角度的调整，保证显微系统检测的精确性。