本发明涉及一种针对加密代理和隧道技术的网站指纹识别方法，包括：进行流量预处理，从数据包大小和数据包方向提取特征，进行包长过滤；进行流量表征，通过序列模板对挖掘、子流序列生成，对数据包进行关联，构建一系列有因果关联的子流序列即因果关系链；构建指纹识别模型，输入一系列子流序列，输出子流序列对应的目标网站类别标签。本发明利用流量连接建立过程中不同数据包长之间的关联关系，通过过滤简化数据包包长序列，减少了噪声，能够更准确地识别目标网站；基于因果关联发现不同数据包长之间的关联关系，将属于不同网站的纠缠数据包解耦为一系列因果关系链，显著减轻了由多个并发网站访问可能引起的信息混乱。