本发明提供了一种水下航行器水冷电子电气设备凝露控制系统和方法，通过在冷却系统自身综合采取控制措施，根据舱室温度、湿度及海水温度控制供给电子电气设备的冷却水温度和流量，从而减少水冷电子电气设备凝露的产生，避免水冷电子电气设备因凝露聚集形成冷凝水引起绝缘与腐蚀问题，实现了防治航行器水冷电子电气设备凝露的功能，保障了水冷电子电气设备在各种环境条件下的可靠使用。本发明通过采用两种适用于不同冷却要求场合的控制方式，包括控制冷却水供水温度不低于实时舱室温度、湿度对应的露点温度，或控制水冷电子电气设备冷却水供水温度和冷却水供水流量，确保水冷电子电气设备内部典型冷却部位温度始终高于露点温度，避免凝露的产生。