本公开涉及一种燃料电池热管理系统、方法以及车辆。该系统包括制冷回路、制热主回路以及制热辅回路；其中，制冷回路包括散热器，制冷回路与燃料电池连接，用于对燃料电池进行降温；制热主回路包括加热器，制热主回路与制冷回路并联，用于对燃料电池进行升温；制热辅回路与制冷回路、制热主回路连接，用于基于散热器的当前散热能力，将制热主回路中的部分冷却液流量分流，这样，被分流的这部分冷却液流量经由制热辅回路进入散热器进行降温，能够降低燃料电池热管理系统中节温器开度调节速率，避免产生过温风险。