本发明公开了一种高连续性的船舶主辅动力切换控制系统，涉及船舶动力切换控制技术领域，包括监测模块、信息分析模块、控制模块、执行模块、远程通信模块和故障检测模块，所述执行模块包括动力切换单元和警示提醒单元，所述动力切换单元的切换过程包括三个阶段：第一阶段：初始动力结合，待切换动力脱开；第二阶段：初始动力结合，待切换动力结合；第三阶段：待切换动力结合，初始动力断开。本发明通过执行模块的动力切换单元，使船舶的动力切换过程分为三个阶段，使船舶能够完成高连续性主辅动力切换，并且高连续的主辅动力切换可以避免船舶的动力切换过程中主动力和辅动力均脱离开，船舶无法操控的情况，提高了船舶动力切换的安全可靠性。