本发明提供了一种实现基因分析仪检测信号归一化的方法、系统及设备，该方法包括：对基因分析仪电泳过程采集的每一道毛细管的内标物通道的光谱信号进行内标匹配，并根据匹配成功的内标匹配序列计算每一道毛细管内标物通道的单通道内标平均值；采用预设的内标标准值分别除以每一道毛细管的内标物通道的单通道内标平均值，将得到的计算结果作为对应毛细管的归一化系数；根据每一道毛细管的归一化系数分别对各自毛细管中其他颜色通道的光谱信号进行归一化修正，实现检测信号归一化。本发明实现了根据内标物的峰高来调整待测样本的峰高，能够改善不同毛细管间的信号差异，以及相同毛细管不同检测次数的差异，有效提升基因分析结果质量。