本发明涉及医学图像处理技术领域，公开了一种幽门螺旋杆菌荧光诊断辅助系统，包括：图像采集与处理模块，用于获取白光和窄带光谱作用下，胃内发出的光学信号，并将光学信号转换为高光谱图像；图像分析模块，用于识别每一个像素点，是否呈阳性，并基于所有像素点的识别结果，判断所述高光谱图像是否呈阳性，得到第一判断结果；将所述高光谱图像进行切片，并识别每个子图是否呈阳性后，基于所有子图的识别结果，判断所述高光谱图像是否呈阳性，得到第二判断结果；基于所述第一判断结果和第二判断结果，得到所述胃是否为幽门螺旋杆菌阳性。实现内镜下Hp诊断的可视化、定量化和无创化。