本发明提出了一种基于小波变换的组合导航初始对准方法和系统，属于导航定位技术领域，该方法包括：获取组合导航系统初始时的加速度观测值，利用小波变换对加速度观测值去噪得到加速度测量值，用于消除基座晃动对加速度的影响；采用加速度测量值，基于姿态矩阵的惯性系粗对准得到组合导航的第一初始姿态矩阵，用于消除晃动对陀螺仪测量值的影响；完成粗对准后对第一初始姿态矩阵进行卡尔曼滤波精对准实现组合导航的初始对准。基于该方法，本发明还提出了一种基于小波变换的组合导航初始对准系统。本发明能够避免微动态情况下各种晃动或者振动干扰的影响，解决了船载系泊状态等典型应用场景的初始对准问题，为组合导航系统提供精确的初始值。