本发明涉及生物信息学领域，一种基于生物信息的高通量药物筛选模型构建方法及装置，包括：构建生物体的基因网络图，构建待测样品的基因表达筛选模型；构建生物体的蛋白质结构模型，构建待测样品的分子对接筛选模型；分析生物体的药物代谢机制和药物代谢调控网络，构建待测样品的代谢途径筛选模型；构建待测样品的多靶点筛选模型，对基因表达筛选模型、分子对接筛选模型、代谢途径筛选模型以及多靶点筛选模型进行组合仿真，得到待测样品的目标模型组合，构建待测样品的高通量药物筛选平台，构建待测样品的高通量药物筛选模型。本发明可提高药物筛选的效率和准确性。