本发明涉及半导体器件制造技术领域，具体公开了一种寻找晶圆凹槽切口中心点的方法及系统，方法包括：基于晶圆轮廓图像，确定圆心和半径，并重新拟合一个新的圆形；在拟合的圆形上均匀选取多个点，并寻找这些点在晶圆轮廓图像上的对应位置点；随机选取晶圆轮廓图像上的两个位置点，分别计算这两个位置点之间的所有点到圆心的距离，基于最大距离和最小距离的差值判断这两个位置点之间是否存在切口；若存在切口，以两个位置点中其中一个位置点为中心，划定切口范围，计算切口范围内每一个点到圆心的距离，距离最小值对应的点即为切口中心点。本发明能够显著提高生产过程中的定位质量和定位效率，从而提升离子注入的准确度和制备效率。