本发明属于自噬调控因子预测技术领域，公开了一种自噬调控因子预测模型的构建方法及应用，包括：提取自噬相关组学数据中每个基因的组学特征；从蛋白质相互作用数据库中提取各物种的PPI数据，构建对应的基因网络，以同源蛋白质为枢纽连接各物种的基因网络，建立异质基因网络；将异质基因网络中每个基因周围存在直接相互作用的自噬基因数量编码为该基因对应的PPI特征；基于组学特征和PPI特征训练深度神经网络得到自噬调控因子预测模型。还包括对该预测模型微调得到各自噬条件下的自噬调控因子预测模型。还提供了自噬调控因子预测方法。本发明能够提升自噬调控因子预测的准确度，并解决特定自噬条件下阳性基因数量少而无法有效训练模型的问题。