本发明公开了一种柔性开关并网时基于谐波注入的故障分区定位方法及系统，控制柔性开关向故障点注入谐波；检测故障处的谐波电压，完成故障分区定位；当检测到配电网故障线路故障时，触发反时限欠压保护。本发明针对传统继电保护装置无法对柔性开关并网运行时进行故障定位及准确动作的问题，控制柔性开关向故障点处注入谐波，并联合反时限欠压保护对故障点进行定位与分区，在不增加继电保护装置的同时大大提升了故障点定位与隔离的准确性及稳定性；同时保证故障点最近的继电保护装置动作，进而最大程度地降低失电影响范围。