本发明提供一种稳定型液体复合酶制剂及制备方法、应用，上述稳定型液体复合酶制剂包括蛋白酶、葡萄糖氧化酶、全能核酸酶、葡萄糖和水；复合酶制剂为液态型，其中，蛋白酶、葡萄糖氧化酶、全能核酸酶和葡萄糖的质量百分比分别为：5～20％、10～20％、2～15％和0.1～1％，其余为水。本发明提供的稳定型液体复合酶制中的蛋白酶具有降解菌体蛋白的作用，葡萄糖氧化酶可抑制细菌和霉菌的生长，全能核酸酶可降解微生物的核酸，三种酶制剂从不同层面起到协同作用，经过复配制得，具有较好的稳定性，可有效解决养殖现场环境中的抗性菌繁殖及传播。