本发明提出了一种GNSS天线相位中心偏差的确定方法、设备及存储介质，涉及卫星导航定位技术领域。包括：获取待测天线和参考天线的参数信息；基于所述参数信息，建立所述待测天线的基于旋转调制的相位中心偏差观测模型；控制所述待测天线和所述参考天线对应的GNSS接收机基于所述参数信息对目标卫星进行同步静态测量，以获取测量结果；确定所述观测时段内所述目标卫星对应的目标位置；根据所述测量结果、所述目标位置和所述相位中心偏差观测模型，确定待测天线的水平相位中心偏差值e。本发明可以实现简单高效地测量天线相位中心偏差的目的。