所公开的技术涉及检测基因保守性和表达保留。特别地，所公开的技术涉及通过生成染色质形式的序列的多个替代性表示(300)，以碱基分辨率检测参考遗传序列(302)与该参考遗传序列(302)的变体相比的基因保守性和表观遗传信号，该替代性表示能够表示进化保守性、转录起始或表观遗传信号，将该多个另选染色质序列映射到基因表达可变性分类器(2700)以生成该变体的基因表达类别预测，以及将该另选染色质序列映射到致病性预测器以检测变体的致病性。