离子注入系统具有质量分析磁体，该质量分析磁体具有内部和外部区域，并限定第一入口、第二入口和出口。第一离子源限定沿第一射束路径导向第一入口的第一离子束。第二离子源限定沿第二射束路径导向第二入口的第二离子束。磁体电流源向质量分析磁体供应磁体电流。磁体控制电路基于第一或第二离子束的形成控制磁体电流的极性。质量分析磁体分别对第一或第二离子束进行质量分析，以沿经质量分析的射束路径限定经质量分析的离子束。内部或外部区域中的至少一个屏蔽件防止第一和第二离子源之间的视线。束线部件修改经质量分析的离子束。