本发明涉及一种高铁电磁兼容智能分析系统及其构建方法，该系统包括：知识图谱构建模块、专家知识库和决策分析模块；其中，知识图谱构建模块以高铁运行系统的电磁骚扰源、传输耦合途径和敏感设备为模块，构建各模块之间及其内部相互关联的知识图谱；专家知识库是基于知识图谱，通过不同的电磁兼容分析方法对与高铁系统电磁兼容要素相关的研究成果进行分类整理；决策分析模块用于通过搭建的深度学习语义识别分类网络对输入电磁兼容问题进行识别与定位，得到识别结果，根据识别结果，调用专家知识库中相应的子模块，通过对比分析，输出电磁兼容问题的系统化预测分析结果。本发明能够实现对高铁电磁兼容问题的快速定位和系统化分析。