本发明涉及桥梁施工监测技术领域，特别涉及一种大跨径预制箱梁运输结构安全的监测预警方法及系统，方法包括以下步骤：选取四点平面扭曲度和结构应力作为大跨径预制箱梁的安全的监测参数；采用有限元模型分析计算得到所述四点平面扭曲度的控制值、结构应力的控制值；根据所述四点平面扭曲度的控制值、结构应力的控制值和预警范围，得到大跨径预制箱梁运输结构安全风险等级。本发明根据新设的参数四点平面扭曲度进行计算，得到表征大跨径预制箱梁运输过程中是否开裂的结构安全风险等级，有利于及时排除风险。