本发明提供了一种超表面结构及其的设计方法。超表面结构的设计方法包括如下步骤：确定衬底和衬底上的超表面单元的材料，以及超表面单元的形状；确定超表面单元在第一尺寸范围内的透过率曲线和/或相位响应曲线；判断透过率曲线和/或相位响应曲线中是否存在谐振峰；如果透过率曲线和/或相位响应曲线中存在谐振峰，则调整覆盖层的材料和厚度，以消除谐振峰；如果透过率曲线和/或相位响应曲线中不存在谐振峰，则判定设计方法完成。本发明解决了现有技术中的超表面结构存在相位响应有谐振峰从而影响透过率的问题。