本发明公开了一种基于图神经网络的物理层安全传输方法及系统，属于通信信号处理技术领域，首先构建存在多个窃听者和合法用户与基站通信的场景，分析得出接收机的瞬时接收速率，并形成以最大化此系统的合法用户接收速率、最小化此系统的窃听者接收速率为目标，发射波束赋形为变量的问题模型；然后开发了一个基于图神经网络的框架，其中波束赋形向量通过神经网络训练来解决。采用随机梯度下降法对神经网络参数进行优化，达到有效抑制窃听、提升物理层安全的目的。